Terénní vyvýšenina v prostoru dnešního hřbitova s farním kostelem svatého Michaela byla v 9. století asi 5 m nad tehdejší úrovní a měla délku asi 300 m a byla 200 m široká , ale během staletí se podstatně změnila. Mírné návrší zčásti potvrdila i velká povodeň v roce 1997. A.Zelnitius v tomto prostoru předpokládal knížecí palác a jeho základy byly skutečně objeveny v roce 1965 V. Hrubým v blízkosti hřbitovní zdi, nedaleko od kostela svatého Michaela. Provedený kontrolní archeologický výzkum v roce 1987 a 1988 prokázal spojitost s rotundou svatého Michaela nálezem stejných litých podlah (GALUŠKA, L. 1990, s.123-133).
Písemné zprávy o existenci tohoto kostela se objevují ve 12.století bez uvedení jména patrona a řada archeologů předpokládala, že je to právě kostel svatého Michaela, který svým zasvěcením dokládá počátky křesťanství na Velké Moravě a také předpokládala, že tato církevní stavba pochází z velkomoravské doby.
Uvedené předpoklady a nepotvrzené domněnky vedly v roce 1962 k archeologickému výzkumu vnitřní části kostela, při kterém byla Hrubým nečekaně objevena část úplně zachovalých základů rotundy - kostela svatého Michaela z velkomoravské doby. Základy rotundy byly objeveny uvnitř chrámu jen 23 cm pod tehdejší dlažbou z vnější západní strany současného kněžiště. Zachovalá část je základem kruhovité lodi z lomového pískovce vázaného malým množstvím vápenné malty o výšce 1 m. Se základem se zachovala nepatrná část nadzemního zdiva (22 cm) z vnitřní strany omítnutá bílou omítkou. Nezachovala se zbývající část základů lodi i kruhovitého kněžiště, která byla mimo vnitřní část kostela, protože byla rozebrána a použita při přestavbě rotundy na nový kostel. Ze základů kněžiště byly nalezeny jen nepatrné stopy kamenných zbytků pod novou sakristií postavenou v roce 1939.
Podlaha rotundy měla základní vrstvu z drobného kamení, a ta byla zalita maltou. Delší používání rotundy potvrzuje obnova podlahy provedená odlišnějším způsobem. Na předcházející litou podlahu byla udusána vrstva hlíny, na ni nasypána silnější vrstva drceného pískovce a zlomků římských cihel, která byla zalita maltou promíchanou s drtí římských cihel a na povrchu tvořila terasovitý vzhled.
Kostel je jedinou sakrální stavbou tohoto architektonického typu ve Starém Městě – Velkomoravském Velehradě. Prvním archeologickým dokladem o „letitém stáří“ této sakrální stavby bylo zjištění tří vrstev chrámové dlažby ve velké hloubce v roce 1887 při opravě kostela. Další doklad o stáří zjistil A.Zelnitius při stavební úpravě nálezem 13 zlomků bradavkovitých, deskových, antických cihel (tegulae mammatae a latery) a označil je s určitou výhradou za římské cihly. Přesto tomuto významnému nálezu nebyla věnována náležitá pozornost.
Při generální opravě venkovních omítek v roce 1958, kdy byla oklepána narušená omítka z celého obvodu venkovního zdiva do výšky 1,2 m, bylo opět ve zdivu zjištěno 124 kusů římských cihel a dalších 31 kusů zlomků vykopáno v šesti sondách kolem kostela. Spolehlivým potvrzením římského původu byl nález téměř celé deskovité cihly s označením římské legie (LEG XIIII G ANT) v jedné ze sond (HRUBÝ, V. 1965, s.184-188).
Vyjmenované nálezy zcela jednoznačně nestanovily stáří kostela a v dalším průzkumu okolí brání existence dosud používaného hřbitova.
V určení stáří rotundy badatelům napomáhalo vzájemné srovnávání s nálezy z jiných lokalit (Mikulčice, Pohansko i ve Starém Městě). Velkomoravskou dobu potvrzuje častý výskyt a druhotné upotřebení římských cihel, malta s větším obsahem vápna použitá v základovém zdivu, lité podlahy s terasovitým povrchem, hroby se šperky a jinými předměty a postavení stavby na starším velkomoravském horizontu, datují rotundu do poloviny 9.století. Tuto dobu významně potvrzuje nález esovité bronzové záušnice ve vnitřním prostoru lodi rotundy a analogie stavební techniky a technologie s kostely „Na valách“, „Špitálky“, „Na kostelíku“ budovaných po roce 850. Tyto stavby postavili zkušení stavitelé, kteří dobře ovládali antické stavební postupy a souvisely s působením misionářů z Vlašska a Řecka, jak je uvedeno v životopisu Metodějově (HRUBÝ, V. 1965, s.190).
Rotunda svatého Michaela existovala i po pádu Velkomoravské říše a tuto skutečnost potvrzuje nález denáru Otty Sličného z let 1061 – 1086. Nepřímé prameny potvrzují existenci farního a hřbitovního kostela (bez jména patrona) již v 11. a 12. století. V 1. polovině 13.století byla rotunda přestavěna velehradskými cisterciáky na větší kostel s obdélníkovou lodí a pravoúhlým kněžištěm. Datace je potvrzena nálezem cihlových dlaždic z dílen velehradských cisterciáků (HRUBÝ, V. 1965, s.188-190).
Písemný historický pramen o existenci Starého Města je v „listině olomouckého biskupa Roberta ze srpna 1220, v níž se biskup vzdává desátků ve prospěch velehradského kláštera ve všech jeho vsích, je Velehrad (Staré Město) nazýván „Welegrad villa forensi“ (trhová ves), stejně jako v listině z roku 1257 (POJSL, M. 1990, s.10).
Farní kostel svatého Michaela měl v tehdejší době významné postavení na základě listiny krále Přemysla Otakara II. vydané v Plasích 15.října 1257 po dohodě s cisterciáckým opatem Jindřichem. V listině je stanoveno, že starší kostel svatého Jiří z nového královského města Hradiště se stává filiálním kostelem farního kostela svatého Michaela ve Veligradu (Starém Městě) a jeho patronem je velehradský klášter (ČOUPEK, J. 2000, s.128).
Tato výsada zanikla prodejem Starého Města městu Uherskému Hradišti v roce 1550 velehradskými cisterciáky a postavení kostelů se vyměnila (HRUBÝ, V. 1965 s.184-191).
V roce 1645 při obléhání Uherského Hradiště švédskými vojáky došlo ke zničení kostela. Vojáci vypálil celou vesnici i s kostelem. Chrám byl v roce 1734 z trosek obnoven a přestavěn do dnešní podoby (HRUBÝ, V. 1965, s.181).
Na začátku 20.století usilovala obec o obnovení farnosti s cílem postavit nový kostel. Jednání o zřízení farnosti se stále protahovala a k ustavení prozatímní farnosti došlo až 14.2.1939 - přípis č.j. 1868 (Kronika ŘKFÚ Staré Město, 1941, s. 60).
Kostel svatého Michala se stal opět farním až v roce 1951 na základě dekretu arcibiskupa olomouckého Dr.K.Matochy ze dne 7.8.1951, pravděpodobně po 400 letech (Kronika ŘKFÚ Staré Město, 1968).
Archeologickým výzkumem uskutečněným v roce 1962 byla narušena statika kostela, který byl kolem roku 1970 po obvodě stažen ocelovými předpjatými pruty, a tím zpevněn. Při kompletní výměně střechy i s věžičkou v roce 1976 byla zpevněna ocelovými profily a šrouby klenba kněžiště i lodi kostela.
Při velké povodni v roce 1997, kdy byla zatopena třetina obce, došlo následkem vysoké spodní hladiny vody k podmáčení spodní části kostela, a to způsobilo narušení podpěrných sloupů kůru a propadnutí podlahy. Při opravě byl proveden kontrolní archeologický průzkum a zviditelnění části zachovalých základů včetně nadzemního zdiva rotundy jejich osvětlením a pokrytím průhlednou skleněnou deskou. Dne 25.6.1999 byl kostel slavnostní bohoslužbou za účasti olomouckého arcibiskupa J.Graubnera předán k používání.
Velikost významu kostela svatého Michaela byla zvýrazněna nalezením základů rozsáhlého zděného paláce velmože v jeho blízkosti. Stavba byla opatřena litými maltovými podlahami a krytá vypalovanou střešní krytinou. Rotunda byla vlastnickým kostelem významného příslušníka vládnoucí vrstvy možná i vladaře. Můžeme konstatovat, že je jediným místem v České republice, kde se koná slavení liturgie nejméně po 1100 let (GALUŠKA, L. 1990, s.123-133).
Hřbitovní kaple sv. Jana Křtitele je pozdně románskou kaplí, původně kostnicí z poloviny 13. století.
